广域网中常用的协议主要包括IP协议、TCP和UDP协议、以及垂直链路协议等。IP协议负责数据包的寻址和转发，是广域网通信的基础。它通过将数据包标记为特定的地址，使不同网络间的数据能够互通。常用的有IPv4和IPv6两种版本，其中IPv6在处理大量的联网设备方面拥有更好的性能和安全性。
TCP（传输控制协议）和UDP（用户数据报协议）则是数据传输时的重要协议。TCP提供可靠的数据传输，确保数据包按顺序到达，常用于要求高确保性的应用，如网页浏览和文件传输。UDP则较为轻量，不保证数据传输的可靠性，适合于实时要求较高的应用，如语音通话和视频直播。
下一类协议是SPX（顺序包交换协议），主要用于Novell网络，虽然现在应用减少，但仍在某些特定环境中存在。它主要在局域网中使用，负责在广域网中实现更高层次的数据传输功能。
VPN（虚拟专用网络）也是广域网中的一个重要应用，通过在公共网络上创建加密的连接，使用户能够安全地进行数据传输，保护隐私。VPN协议有多种类型，如PPTP、L2TP和OpenVPN，各自有不同的安全性能和适用场景。
网络层中还有BGP（边界网关协议），用于在不同的自治系统（AS）之间传递路由信息，确保数据能够通过最佳路径到达目的地。BGP在互联网上至关重要，直接影响到数据包的传输效率和可靠性。
MPLS（多协议标签交换）技术也常用于广域网中，主要通过在数据包中添加标签，来优化数据转发路径。这种方法可以减少延迟，提高网络效率。
缺失的是FTP（文件传输协议）和拨号协议（如PPP），它们在文件传输和点对点连接中起着重要作用。FTP能够在用户和服务器之间传送文件，而PPP则允许通过拨号连接建立网络链接。
还有ICMP（互联网控制消息协议），它用于发送错误消息和网络状态信息，帮助网络管理员诊断网络问题。
以上协议在广域网的各个层面都发挥着重要作用，通过具体功能相辅相成，确保了不同网络之间的数据流通通畅。